Tiesa gan, dažām institūcijām ir iebildumi arī pret jauno kārtību, kas paredz, ka Finanšu ministrija un Pārresoru koordinācijas centrs neatkarīgo iestāžu - Valsts prezidenta kancelejas, Augstākās tiesas, Satversmes tiesas, citu tiesu, Valsts kontroles, Nacionālās elektronisko plašsaziņas līdzekļu padomes, Tiesībsarga biroja, Sabiedrisko pakalpojumu regulēšanas komisijas un Ģenerālprokuratūras – budžeta prioritātes vairs nevērtēs pēc punktu skalas.
Tā, piemēram, Labklājības ministriju neapmierina iecere budžeta pieprasījumus, kas saistīti ar labklājības jomu, vērtēt kopā ar citām ministriju pieteiktajām budžeta prioritātēm. Ministrijas valsts sekretāre Ieva Jaunzeme uzsver, ka Labklājības ministrijas ieskatā, piemēram, invaliditātes pabalstu palielināšanu nevar uzskatīt par jaunu politikas iniciatīvu. ”Par jaunām politikas iniciatīvām mēs uzskatām tikai lietas, kas ir pilnīgi jaunas,” sacīja Jaunzeme, piebilstot, ka, iespējams, dažādu pabalstu palielināšanas mehānismi, līdzīgi kā pensiju indeksācijas kārtība, būtu jānosaka likumos, kas regulē šo pabalstu piešķiršanu un to apmēru.
Finanšu ministrijas piedāvājums paredz saglabāt līdzšinējo budžeta pieprasījumu vērtēšanas kārtību, kas paredz ministriju prioritātes vērtēt atbilstoši diviem hierarhiski augstākajiem plānošanas dokumentiem Latvijā, tas ir, Nacionālās attīstības plānam un Valsts aizsardzības koncepcijai. Maksimālais punktu skaits, ko Finanšu ministrija un Pārresoru koordinācijas centrs var piešķirt budžeta pieprasījumiem, kas pilnībā atbilst abiem minētajiem dokumentiem ir pa 6 punktiem no katras prioritāšu vērtēšanā iesaistītās institūcijas.
Tāpat, izskatot ministriju pieteiktās prioritātes, tiktu ņemta vērā to atbilstība normatīvajiem aktiem, citiem attīstības plānošanas dokumentiem, valdības deklarācijai un rīkojumiem.
