Muratova kļuva slavena jau ar savām pirmajām filmām "Īsās tikšanās" (1967) un "Ilgās atvadas" (1971). Padomju laikā viņas filmu tematika nepatika birokrātiskajam aparātam, tāpēc pret Muratovu tika vērsta cenzūra.
Pēc nesaskaņām ar Odesas kinostudijas vadību 70. gados Muratova pārcēlās uz Sanktpēterburgu (toreizējo Ļeņingradu), kur strādāja kinostudijā "Ļenfiļm" un iepazinās ar mākslinieku Golubenko, kurš kļuva par viņas vīru.
Muratovas 1989. gadā Odesas kinostudijā uzņemtā filma "Astēniskais sindroms", kuras demonstrēšana Padomju Savienībā tika ierobežota, saņēmusi Berlīnes kinofestivāla īpašo žūrijas balvu un Krievijas Kinomākslas akadēmijas prēmiju "Nika" kā labākā pasaules filma.
Pēcpadomju laikā popularitāti guvušas Muratovas filmas "Trīs stāsti" (1993), "Čehova motīvi" (2002), "Skaņotājs" (2004) un citas.
2008. gadā Muratova un Golubenko bija ieradušies Rīgā uz kinofestivālu "Arsenāls", kura programmā bija iekļauta Muratovas īsmetrāžas filma "Lelle".