Pašlaik vidusskolas darbība tiek organizēta divās vietās: Jaunaglonā un Višķos. Jaunaglonā mācību korpuss ir paredzēts 600 izglītojamiem, šobrīd tur mācās 128 izglītojamie.
Višķos mācību korpuss paredzēts 500 izglītojamiem, pašlaik tur mācās 339 izglītojamie.
Ņemot vērā nelielo izglītojamo skaitu no valsts budžeta finansētajās vietās vidusskolā attiecībā pret vidusskolas divu mācību īstenošanas vietu (Jaunaglonā un Višķos) mācību ēku, dienesta viesnīcu un mācību darbnīcu lielajām, neizmantotajām platībām, secināms, ka jau ilgstoši skolas plašie nekustamie īpašumi netiek racionāli izmantoti un to apsaimniekošana ir apgrūtināta nepietiekamo finanšu resursu dēļ, norāda Izglītības un zinātnes ministrija.
Pamatojoties uz ministrijas lūgumu, Aglonas novada dome vairākkārt izvērtēja vidusskolas pārņemšanas iespēju pašvaldības padotībā, tomēr atteicās to pārņemt, pamatojoties uz lielām finanšu izmaksām.
