Pret to iebilda Finanšu ministrija, kuras ieskatā pašvaldībai vairāk būtu jālīdzfinansē tās teritorijā esošā izglītības iestāde. Valdība uzdeva skolai kopā ar Vides aizsardzības un reģionālās attīstības ministriju un Finanšu ministriju nākamā gada sākumā meklēt vajadzīgo finansējumu.
Vides aizsardzības un reģionālās attīstības ministrija valdībā iesniegtajos dokumentos skaidroja, ka līdz 2000.gadam Mālpils profesionālā vidusskola bija Zemkopības ministrijas padotības iestāde, no 2000.gada līdz 2009.gada 1.jūlijam - Rīgas rajona padomes iestāde, savukārt kopš 2009.gada 1.augusta administratīvi teritoriālās reformas rezultātā un likumā paredzētā kārtībā - Mālpils novada pašvaldības iestāde.
Līdz 2004.gada 11.jūlijam skolu uz līguma pamata finansēja Zemkopības ministrija, bet līdz 2009.gada 1.jūlijam naudu skolai deva Izglītības un zinātnes ministrija.
Taču tagad neviens tiesību akts vairs nenosaka IZM pienākumu finansēt pašvaldības izglītības iestādes no valsts budžeta līdzekļiem, izņemot pedagogu darba samaksu. Profesionālās izglītības nodrošināšana nav arī vietējās pašvaldības autonomā funkcija.
2009.gadā ar Ministru kabineta rīkojumu Mālpils novada domei tika piešķirti 40 000 latu no līdzekļiem neparedzētiem gadījumiem. Pērn IZM centusies atrast jaunu finansēšanas modeli pašvaldību profesionālo skolu uzturēšanas izdevumu segšanai, bet risinājums netika rasts.
Mālpils skolas uzturēšanas izdevumi 2010.gadā tika finansēti no Mālpils novada pašvaldības budžeta. Pērn gada nogalē valdība arī piešķīra skolai 57 000 latu, lai īstenotu skolas energoefektivitātes projektu, kas pabeigts šā gada decembra sākumā.
Pēc šā gada 30.novembra Ministru kabineta sēdes IZM piešķīra skolai uzturēšanas izdevumus 130 000 latu apmērā.