Vairāki valsts sekretāri papildus savam tiešajam amatam darbojas arī kapitālsabiedrībās ar valsts kapitāldaļām, par to saņemot atalgojumu.
Laikraksts izpētījis, ka, neskatoties uz pirms sešiem gadiem valsts pārvaldē ieviesto vienoto atalgojuma sistēmu, dažu ministriju augstākie ierēdņi pērn saņēmuši par trešdaļu lielāku atalgojumu nekā viņu kolēģi citās ministrijās. Finanšu ministrijas valsts sekretāre Baiba Bāne pērn algā no ministrijas saņēmusi 60 000 eiro, bet Kultūras ministrijas valsts sekretārs Sandis Voldiņš saņēmis 40 000 eiro, raksta "Neatkarīgā Rīta Avīze".
Tāpat teju visu ministriju valsts sekretāri, izņemot Ārlietu ministrijas valsts sekretāru Andreju Pildegoviču, gada griezumā saņēmuši augstāku samaksu nekā 2014. gadā. Vieniem pieaugums bijis pāris procentu, citiem - pāris desmitu procentu.
Starp 13 valsts sekretāriem 2015. gadā dāsnāko atalgojumu – 110 989 eiro – saņēmusi Bāne. Viņa papildus 60 179 eiro algai no Finanšu ministrijas saņēmusi arī 50 810 eiro no Rīgas brīvostas pārvaldes. Līdzīga situācija bijusi arī 2014. gadā. Toreiz papildus 44 000 eiro par valsts sekretāra vietnieka un kopš gada vidus par valsts sekretāra amata pildīšanu Bāne saņēmusi atalgojumu arī no Rīgas brīvostas pārvaldes.
Satiksmes ministrijas valsts sekretārs Kaspars Ozoliņš pērn no ministrijas saņēmis 81 158 eiro. Papildus algai no Satiksmes ministrijas Ozoliņam izmaksāti 35 740 eiro no Rīgas brīvostas pārvaldes. Savukārt 2014. gadā Ozoliņš saņēmis atalgojumu gan no Rīgas brīvostas pārvaldes, gan no Ventspils brīvostas pārvaldes, raksta laikraksts.
Ekonomikas ministrijas valsts sekretārs Ringolds Beinarovičs papildus algai no ministrijas aptuveni 26 000 eiro saņēmis no VAS "Latvijas Valsts ceļi".
Zemkopības ministrijas valsts sekretāre Dace Lucaua, kura amatu ieņem kopš 2007. gada, toreiz algā saņēmusi 57,6 tūkstošus latu jeb 82 000 eiro, bet 7992 lati jeb 11 372 eiro saņemti no VAS "Latvijas valsts meži". 2008. gadā viņas atalgojums jau sasniedzis 64 000 latu jeb 91 000 eiro. Pieskaitot 8880 latu jeb 12 000 eiro atlīdzību no "Latvijas valsts mežiem", viņas kopējie ieņēmumi jau pārsnieguši 100 000 eiro. Laikraksts izpētījis, ka nākamajos gados tik lielu atalgojumu Lucaua gan neesot saņēmusi. Pērn algā no Zemkopības ministrijas viņa saņēma aptuveni 50 000 eiro.
Iekšlietu ministrijas valsts sekretāre Ilze Pētersone-Godmane valsts sekretāra amatā strādā kopš 2009. gada. Viņas atalgojums septiņu gadu laikā pieaudzis par aptuveni 40% jeb no 32 000 eiro 2010. gadā līdz 46 000 eiro pērn, raksta "Neatkarīgā Rīta Avīze".
Salīdzinājumam Valdis Dombrovskis, būdams Latvijas premjerministrs, gadā saņēma aptuveni 33 000 eiro, aprēķinājis laikraksts.