Nelle Hārpera Lī piedzima 1926. gada 28. aprīlī Monrovilā, mazmazītiņā pilsētiņā Dienvidalabamā. Viņas tēvs Amass Kolmens Lī bija advokāts, savukārt māte Fransisa Kaningema – mājsaimniece, kas vienā laidā sirga ar dažādām nervu kaitēm. Bez Hārperas ģimenē auga arī vecākā māsa Alise Finča Lī (1911–2014), otra māsa Luīza Lī Konera (1916–2009) un brālis Edvins Lī (1920–1951). No sava pirmā vārda Nelle, kas bija viņas vecmāmiņas vārds, tikai rakstīts no otras puses, Lī atbrīvojās pēc "Lakstīgalas" publicēšanas, jo bažījās, ka viņu sāks dēvēt par Nelliju, un šo versiju viņa nevarēja ciest ne acu galā.
Lī bērnība provinciālajā Monrovilā bija gaužām vienkārša un pieticīga, laiku viņa lielākoties pavadīja, dzīvojoties savā vaļā vai kopā ar kaimiņu bērniem, – tēvs daudz strādāja, savukārt māte īsti nebija spējīga pilnvērtīgi pievērsties meitas audzināšanai, jo teju nekad neatstāja māju. Kaimiņi atminas, ka Fransisa varēja stundām ilgi spēlēt klavieres, ķimerēties ap puķu kastēm vai minēt krustvārdu mīklas uz lieveņa mājas priekšā.
