Tomēr Strasbūras tiesa neatzina "Jukos" lietu par politiski motivētu.
Kā teikts spriedumā, tiesa atzina, ka vairākos gadījumos Hodorkovskis ticis turēts apcietinājumā nelikumīgi, bet Krievijas tiesu iestādes ar pārkāpumiem izskatījušas viņa prasības atbrīvot no apcietinājuma izmeklēšanas laikā. No 15 sūdzības punktiem Eiropas Cilvēktiesību tiesa apmierināja astoņus.
Strasbūras tiesa vairākos gadījumos nekonstatēja, ka būtu pārkāptas Hodorkovska tiesības uz tūlītēju lietas iztiesāšanu, kā arī neatzina, ka atsevišķos periodos, kad viņš atradās izmeklēšanas izolatorā, būtu pārkāpts Cilvēktiesību konvencijas 3.pants, kurā teikts, ka nav pieļaujama cilvēka cieņu pazemojoša izturēšanās. Tomēr tiesa atzina, ka ar Hodorkovska turēšanu izmeklēšanas izolatorā no 2005.gada 8.augusta līdz 9.oktobrim šis pants ticis pārkāpts.