Kučmu vaino dienesta stāvokļa ļaunprātīgā izmantošanā, jo viņš 2000. gadā pavēlējis iekšlietu struktūru vadībai - "tikt galā" ar Gongadzi. Šo sarunu ierakstīja un publiskoja toreizējais Kučmas apsardzes darbinieks Nikolajs Melničenko, ar kuru Kučma kategoriski atsakās tikties konfrontācijā pie izmeklētāja.
"Es neskaitāmas reizes varu apzvērēt pie konstitūcijas, pie bībeles, ka es nekad neesmu devis šādu noziedzīgu rīkojumu un nemaz to nevarēju izdarīt," žurnālistiem paziņojis Kučma.
Līdz 2011. gadam viņa vārds Gongadzes lietā netika minēts nekādā statusā. Taču tagad viņam ir aizdomās turamā statuss.
Opozīcijas žurnālists Gongadze pazuda bez vēsts 2000.gada 16.septembrī Kijevā, bet novembrī viņa līķi bez galvas atrada mežā netālu no Tarašas pilsētas Kijevas apgabalā. Neilgi pēc tam klajā nāca ieraksti, ko it kā veicis valsts apsardzes majors Nikolajs Meļņičenko toreizējā Ukrainas prezidenta Kučmas kabinetā. Šajā ierakstā kāds vīrietis, kura balss ir līdzīga Kučmas balsij, dod rīkojumu "tikt galā" ar žurnālistu. Tomēr Kučmam nekad nav bijis nekāda statusa lietā par Gongadzes noslepkavošanu.
2008.gadā trīs bijušos Ukrainas Iekšlietu ministrijas Ārējās novērošanas un kriminālizmeklēšanas departamenta darbiniekus atzina par vainīgiem žurnālista noslepkavošanā. 2009.gadā pēc vairāku gadu izmeklēšanas arestēja arī šī departamenta vadītāju ģenerāli Pukaču, kuru apsūdzēja Gongadzes slepkavībā un uzskata par galveno šajā lietā aizdomās turēto.
Bijušais Ukrainas iekšlietu ministrs Jurijs Kravčenko, kurš pēc Kučmas rīkojuma uzklausīšanas, savukārt devis pavēli Pukačam, izdarījis pašnāvību 2005. gada martā.