ECT paziņojumā masu medijiem teikts, ka tiesa nelēma par Kononova kriminālo atbildību, bet gan par to, vai saskaņā ar konvencijas 7.pantu 1944.gada 27.maijā prasītāja rīcība veidoja pāridarījumus, kas bija pietiekami saprotami un pārredzami definēti nacionālajos vai starptautiskajos likumos.
Tiesa secināja, ka tolaik bijuši tikai trīs starptautiski akti, kas Kononova rīcībā paredzēja pāridarījumus. Divi no tiem stājās spējā tikai pēc 1944.gada, bet trešo - 1907.gada Hāgas konvenciju - nebija parakstījusi ne Latvija, ne Padomju Savienība. Tāpat Hāgas konvencijā atspoguļoti miera laika noteikumi, tādēļ uz Kononovu kā toreizējo karavīru tos nevarot attiecināt.
ECT norāda: pat ja sūdzības iesniedzēja vaina bija pamatota toreizējā nacionālajā likumdošanā, tad 2004.gada nacionālie likumi nevarēja kalpot par pamatu Kononova notiesāšanai. Tāpat tiesa norāda, ka tiesāt Kononovu par viņa rīcību gandrīz pusgadsimtu pēc noilguma laika beigām ir pretrunā ar pārredzamības principu.
Tiesa uzskata, ka sūdzības iesniedzējs 1944.gada 27.maijā nevarēja paredzēt, ka viņa rīcība ir kara noziegums.
Ministru kabineta pārstāve starptautiskajās cilvēktiesību institūcijās Inga Reine sacīja, ka Latvijas valdība spriedumu var pārsūdzēt, un pastāv liela iespējamība, ka sūdzība tiktu izskatīta vēlreiz, jo šodien lēmums pieņemts ar minimālu pārsvaru - četri tiesneši balsoja "par" un trīs bija "pret".
Kā ziņots, laikraksts "Čas" iepriekš vēstīja, ka Kononovs no Latvijas vēlējās piedzīt 5,187 miljonus eiro (3,63 miljonus latu). Šādus prasības papildinājumus Kononova pārstāvji tiesā iesniedza šā gada februārī. Līdz ar šiem papildinājumiem ECT tika iesniegta vēl virkne dokumentu, lai pierādītu, ka Kononovs nav vainojams apsūdzībās, par kurām Latvijā viņš jau notiesāts.
Kononovs pieteikumu tiesā iesniedza 2004.gadā, sūdzoties par vairāku Eiropas Cilvēktiesību un pamatbrīvību aizsardzības konvencijas pantu iespējamo pārkāpumu. Prasības iesniedzējs uzskata, ka ir ticis notiesāts par nodarījumiem, kuriem to izdarīšanas brīdī nebija paredzēta kriminālatbildība ne starptautiskajos, ne nacionālajos tiesību aktos.
Tomēr ECT Latvijas valdību lūdza sniegt komentārus tikai par iespējamo konvencijas 7.panta pārkāpumu. 19.februārī valdība, atbildot uz ECT uzdoto jautājumu, nolēma, ka tā nesaskata pamatu piedāvāt mierizlīgumu šajā lietā.
Lietā ECT kā trešā puse bija iesaistījusies Krievija.
Augstākās tiesas Krimināllietu tiesu palāta 2004.gada 30.aprīlī atzina Kononovu par vainīgu kara nozieguma izdarīšanā - viņa vadītā partizānu grupa 1944.gadā Mazo Batu ciemā nežēlīgi nogalināja vairākus civiliedzīvotājus un nodedzināja viņu mājas.
Partizāni viņa vadībā nogalināja Krupņiku ģimeni - Mihailu un viņa sievu Teklu, kura bija grūtniecības pēdējā mēnesī, kā arī Mihaila māti Veroniku. Šos cilvēkus dzīvus sadedzināja pašu mājā. Tekla bija mēģinājusi bēgt, taču partizāni viņu panākuši un pa logu iesvieduši degošajā mājā. Uzbrukumā nogalināti vēl vairāki cilvēki.
Kononovs tika arestēts 1998.gadā un atradās apcietinājumā līdz 2000.gadam, kad notiesāts, piespriežot pusotru gadu ilgu cietumsodu. Pēc sprieduma pasludināšanas viņš atbrīvots, jo piespriesto soda termiņu bija jau izcietis pirmstiesas apcietinājuma laikā.
Pēc atbrīvošanas Kononovs pieņēma Krievijas pilsonību.
2001.gadā Latvijas tiesa, atkārtoti izskatot Kononova lietu, atzina viņu par vainīgu kara noziegumos un piesprieda sešus gadus cietumā. Kononovs spriedumu pārsūdzēja, un lieta nosūtīta prokuratūrai papildu izmeklēšanai, viņu pašu atbrīvojot no ieslodzījuma sakarā ar slikto veselību.
2003.gadā Latgales apgabaltiesa Kononovam izvirzīto apsūdzību pārkvalificēja, atzīstot viņu par vainīgu bandītismā un atbrīvojot no piespriestā soda izciešanas sakarā ar noilguma iestāšanos.
Spriedumu pārsūdzēja prokurors, un Latvijas Augstākā tiesas Krimināllietu kolēģija atzina viņu par vainīgu kara noziegumos, piespriežot gadu un astoņus mēnešus ilgu cietumsodu. Izskatot Kononova lietu kasācijas kārtībā, Augstākās tiesas senāts 2004.gada 28.septembrī spriedumu atstāja negrozītu.
2005.gada aprīlī Kononovs vērsās ECT, pieprasot savu attaisnošanu.