Jaunais IeM strukturālās shēmas projekts paredz valsts sekretāra vietnieku pārraudzībā saglabāt esošo Juridisko departamentu, Eiropas lietu un starptautiskās sadarbības departamentu, Plānošanas, koordinācijas un kontroles departamenta vietā izveidot jaunu - Nozares politikas departamentu, kā arī izveidot jaunu Administratīvo departamentu, kas apvienotu Personāla uzskaites, Informātikas un sakaru, Aģentūru uzraudzības, Finanšu un īpašuma, kā arī Sabiedrisko attiecību apakšnodaļas. Valsts sekretārā tiešajā pakļautībā plānots Krīzes vadības padomes sekretariāts, Slepenā režīma nodaļa un Iekšējā audita nodaļa.
Jaunās struktūras, reglamentu un amatu aprakstu apstiprināšanu, darbinieku un ierēdņu novērtēšanu, nodarbināto brīdināšanu, uzteikumu sagatavošanu un tālāko darbinieku pārcelšanu citos amatos, atbilstoši jaunajai struktūras shēmai, vai atlaišanu IeM plāno pabeigt līdz šā gada 1. jūnijam.
Lai realizētu valsts pārvaldes taupības politiku, bez ministrijas reorganizācijas, plānots ar 2009.gada 1.jūniju samazināt visu ministrijas nodarbināto atalgojuma apmēru par 20 %. Ņemot vērā jau realizētos iepriekšējos atalgojuma samazinājums, IeM līdz šā gada beigām būs samazinājusi darbinieku atlīdzību 34 - 44 % apmērā, salīdzinot ar iepriekšējo gadu.