To, cik maksāt katras augstskolas rektoram, nosaka pati izglītības iestāde. Valsts un pašvaldības finansējumu, kā arī studiju maksās gūto naudu augstskolas var izlietot pēc saviem ieskatiem.
Ministru kabineta noteikumi par pedagogu darba samaksu nosaka minimālo atlīdzību, kuru par darbu var saņemt augstskolas rektors, tā ir 1835 eiro pirms nodokļu nomaksas (2015. gadā, par kuru apkopoti rektoru ieņēmumi, - 1410,07 eiro), bet maksimālā summa regulēta netiek. Līdz ar to universitāšu rektoru algas ievērojami atšķiras.
Piemēram, Rīgas Stradiņa universitātes (RSU) rektors Jānis Gardovskis 2015. gadā no universitātes saņēmis 98672,60 eiro algu, savukārt Latvijas Universitātes (LU) rektors Indriķis Muižnieks saņēmis par 32% mazāku algu jeb 66683,28 eiro.
Tikmēr Rīgas Ekonomikas augstskolas (SSE Riga) rektors Andešs Pālsovs saņēmis 136780,56 eiro lielu algu.
RSU rektors norādījis, ka 2015. gadā saņēmis no RSU vien algu, savukārt LU rektors saņēmis arī 284,58 eiro lielu honorāru. Arī citi augstskolu rektori saņēmuši ne vien algas, bet arī dažādas piemaksas no viņu pārstāvētās universitātes.
Latvijas Lauksaimniecības Universitātes (LLU) rektore Irina Pilvere algā no augstskolas saņēmusi 43837,36 eiro, kā arī stipendiju – 755 eiro, honorāru – 12469,32 eiro un 17,04 eiro no saimnieciskās darbības un komercdarbības universitātē. Savukārt Latvijas Kultūras akadēmijas (LKA) rektore Rūta Muktupāvela saņēmusi 39257,22 eiro lielu algu, 131 eiro lielu honorāru, 600 eiro lielus citus ienākumus, bet no LKA aģentūras – Latvijas Kultūras koledžas viņa guvusi ienākumus 572 eiro apmērā.
Balstoties uz Valsts ieņēmumu dienesta (VID) Publiskojamo datu bāzē pieejamajām valsts amatpersonu deklarācijām, portāls "Delfi" apkopojis Latvijas valsts universitāšu un augstskolu rektoru ieņēmumus 2015. gadā no viņu pārraudzībā esošajām augstskolām.
Jāpiebilst, ka daļa augstskolu rektori paralēli strādā un piepelnās arī citur. Tā Jāzepa Vītola Latvijas Mūzikas akadēmijas (JVLMA) rektors Artis Sīmanis 2015. gadā saņēmis algu par darbu Jāzepa Mediņa Rīgas mūzikas vidusskolā, honorāru un ienākumus no VSIA "Latvijas Koncerti", kā arī honorārus no dažādām biedrībām.
Savukārt Ventspils Augstskolas bijusī rektore Gita Rēvalde saņēmusi algu arī par darbu Rīgas Tehniskajā universitātē 14588,97 eiro apmērā.
Saskaņā ar Izglītības un zinātnes ministrijas pārskatu no valsts budžeta augstākajai izglītībai 2015. gadā piešķirti 62,5 miljoni eiro, lielākā daļa no summas – 45,9 miljoni eiro – augstskolām.