Kononovs miris 89 gadu vecumā.
Kononovs 2004.gadā Latvijā tika notiesāts par 1944.gadā izdarīto kara noziegumu, nežēlīgi nogalinot Mazo Batu ciema iedzīvotājus. Kononovs apsūdzības neatzina, un vērsās Eiropas Cilvēktiesību tiesā, taču ECT viņa sūdzības noraidīja.
Otrā pasaules kara laikā Kononovs Latvijas teritorijā darbojās partizānu brigādē, par ko saņēma vairākus padomju apbalvojumus. Bet par kara noziegumiem viņš tiesāts par notikumiem 1944.gada 27.maijā Latgales Mazo Batu ciematā. Kononovs tur nogalinājis deviņus civiliedzīvotājus, kuri, pēc viņa domām, nodevuši vāciešu karaspēkam 12 partizānus. Piecus cilvēkus ciematā nošāva, bet četrus sadedzināja dzīvus.
Par šo kara noziegumu Kononovu notiesāja, pēc iznākšanas no cietuma Krievija viņam piešķīrusi pilsonību, taču emigrēt uz Krieviju viņš atteicies.