Ministrijas galvenā funkcija ir politikas dokumentu, likumu un citu normatīvo aktu veidošana, savukārt padotības iestādes veic politikas īstenošanu. Viens no mūsdienīgas studiju un pētniecības attīstības instrumentiem ir akadēmiskās autonomijas stiprināšana, tā aģentūras izveidošanas nepieciešamību skaidro Šēnbergs.
Funkciju nošķīrums, kurā ministrijas ierēdņi tikai veidos normatīvos aktus, bet paši tos praktiski nepielietos, ne vien īstenos Boloņas procesā svarīgos principus par maksimālu augstskolu studiju programmu novērtēšanas attālinātību no politiskās varas, bet arī nodrošinās potenciālo interešu konfliktu novēršanu ierēdņu rīcībā.
Augstākās izglītības un zinātnes aģentūras izveidošanas plāns tiks nodots apspriešanai visu augstskolu rektoriem, Augstākās izglītības padomei, Latvijas Zinātnes padomei, Latvijas Zinātņu akadēmijai, zinātnisko institūtu pārstāvjiem un studentu pārstāvjiem.
Patlaban plānā paredzēts, ka aģentūra veiks augstākās izglītības programmu licencēšanu, uzturēs augstskolu un zinātnisko institūciju reģistru, akadēmiskā personāla un diplomu reģistru, apkopos ar studijām, pētniecību un institūcijām saistīto statistiku, veiks augstākās izglītības un zinātnes projektu administrēšanu un informēs sabiedrību par augstākās izglītības un zinātnes lietām.