Līdz šim tika uzskatīts, ka biodegviela ir neitrāla attiecībā pret ekoloģiju, tomēr zinātnieki aprēķinājuši kaitējumu, ko atmosfērai rada biodegvielas izgatavošanas izvejvielu (cukurniedres, kukurūza u.tml.) novākšana, transportēšana un pārstrāde. Zinātnieku aprēķini liecina, ka biodegvielas plašs pielietojums rezultātā tikai palielinās saistīto CO2 izmešu daudzumu atmosfērā.
Pieaugot biodegvielas patēriņam, pieaugs arī lauku platība, kuros tiks audzētas tai nepieciešamās izejvielas, bet tas liks izcirst vēl vairāk mežu. Savukārt sarūkošās mežu platības samazinās arī ogļskābās gāzes apjomu, kas tiek pārstrādāta skābeklī.
Pētījumā norādīts, ka tam, lai līdz 2050.gadam samazinātu pasaulē radītā CO2 daudzumu divkārtīgi, nepieciešams 59% visas planētas mežu aizstāt ar labības laukiem, kuros tiek audzētas izejvielas biodegvielai. Tomēr tas skābeklī nepārstrādātā CO2 apjomu palielinās par deviņiem miljardiem tonnu gadā.