Jānis Naglis savulaik bijis saistīts ar biedrību "Latvijas Universitātes sports", ieņēmis SIA "Car Stock LVA" valdes priekšsēdētāja amatu, savukārt šobrīd slimnīcas jaunajam valdes loceklim pieder 50% kapitāldaļu likvidējamajā SIA "City Hot Spot", kā arī viņš ieņem amatu AS "Longo Latvia" valdē un AS "Longo Group" padomē. VSIA "Paula Stradiņa klīniskā universitātes slimnīca" pieejamais Jāņa Nagļa CV liecina, ka iepriekšējās darba vietās viņš ieņēmis amatus, kas saistīti ar finanšu kontroli.
Naglis VSIA "Paula Stradiņa klīniskā universitātes slimnīca" valdē ieņem amatu kopā ar slimnīcas valdes priekšsēdētāju Rinaldu Muciņu un valdes loceklēm Agru Ločmeli un Ilzi Kreicbergu.
VSIA "Paula Stradiņa klīniskā universitātes slimnīca" 2019. gadā apgrozījusi 118,73 miljonus eiro, finanšu gadu noslēdzot ar 3,41 miljona eiro lieliem zaudējumiem. Pērn slimnīca bija darba devējs 2941 darbiniekam.