Kā atzīst ASV patentēšanas eksperti, viena no problēmām slēpjas apstāklī, ka jaunievedumi programmatūrā ne vienmēr ir tikuši patentēti, tamdēļ ir iespējama situācija, kad tiek patentēti jau plaši izmantoti risinājumi, citu cilvēku izstrādāti risinājumi, vai arī tādi acīmredzami risinājumi, kurus lielākā daļa nozares pārstāvju ir uzskatījusi par pašsaprotamiem, un nav iedomājusies patentēt. Tā kā, lai saņemtu patentu pretendentam ir jāpierāda tā novitāte nevis attiecībā pret reālo situāciju nozarē, bet tikai pret nozarē izsniegtajiem patentiem, var rasties pretrunīgi patentēšanas gadījumi.
Piemēram, 1989. gadā British Telecommunications ar US. Patent 4,873,662, patentēja hipersaiti ( patenta pieprasījums tika iesniegts jau 1976. gadā ). Zīmīgi, ka šāds patents tika izsniegts neskatoties uz to, ka pirmo hipersaiti jau 1968. gadā demonstrēja Duglas Engelbarts.
Galvenie programmatūras patentēšanas aizstāvji Eiropā ir lielās kompānijas, kā Nokia un Philips, kuras apgalvo, ka nespējot aizsargāt savus jaunizgudrojumus ar patentu palīdzību, tās zaudē globālo sacensību ar kompānijām, kuras strādā valstīs, kurās programmatūra tiek patentēta. Savukārt programmatūras patentēšanas pretinieki, lielākoties zinātnes un mazā biznesa pārstāvji, apgalvo, ka programmu patentēšana var būtiski apgrūtināt tieši mazā biznesa konkurētspēju IT jomā, jo mazajiem uzņēmējiem nav iespējams mobilizēt tādus resursus, lai pārbaudītu vai viņš neviļus neizmanto kādu jau patentētu izgudrojumu vai arī, lai varētu tiesāties ar iespējamiem patentu īpašniekiem. Programmu patentēšanas jautājums Eiropas Savienībā tiek cilāts jau kopš 1991. gada, tomēr šajā jautājumā vienprātību sasniegt tā arī nav izdevies. Jaunākais programmu patentēšanas iedzīvināšanas posms īpaši iezīmējās 2003. gada septembrī, kad, varētu teikt, dramatiskā cīņā, ar demonstrāciju un petīciju palīdzību, programmatūras patentēšanas pretinieki panāca Eiropas Parlamenta lēmumu izmainīt Eiropas Komisijas sagatavoto direktīvu tādā veidā, lai izslēgtu programmatūras patentēšanas iespējas. Atbildes solī, Eiropas Komisija nogaidīja brīdi, kad pašreizējā Eiropas Parlamenta pilnvaras izbeidzas un iesniedza direktīvu, kurā nebija iekļautas Eiropas Parlamenta ieviestās izmaiņas, Eiropas Ministru Padomes izskatīšanai.
Sākotnēji, Īrijas, kā prezidējošās valsts, pozīciju, tai skaitā arī, iekļaut programmu patentēšanu, atbalstīja, Zviedrija, Lielbritānija, Francija, Holande, Čehija un Ungārija. Savukārt Beļģija, Polija, Spānija, Dānija, Austrija, Vācija, Latvija un Itālija izteica iebildumus. Sarunu gaitā savu pozīciju mainīja Vācija, kurai piebiedrojās Polija un Latvija. Minētās pozīcijas izmaiņas atļāva saglabāt direktīvas projektā programmu patentēšanas principus.
Tā kā programmatūras patentēšanas direktīvas galīgais variants neapmierināja Spāniju, kura balsoja pret, un Beļģiju, Itāliju un Austriju, kas atturējās no direktīvas atbalsta, tā netika pieņemta Eiropas Ministru Padomē un tiks nosūtīta atkārtotai caurlūkošanai jaunievēlētajā Eiropas Parlamentā jau šoruden.
Ja Eiropas Parlaments atkārtoti lems pret programmatūras patentiem, tad direktīva atgriezīsies Eiropas Ministru Padomē otrajam lasījumam. Gadījumā, ja Eiropas Ministru Padome otro reizi nepiekritīs Eiropas Parlamenta viedoklim, tad tiks izveidota speciāla „samierināšanas” komisija, kurai lēmums būs jāpieņem sešu nedēļu laikā. Pieņemtais lēmums būs galējs un nemaināms.
Šobrīd ir grūti prognozēt, kā direktīvas pieņemšana pašreizējā redakcijā varētu ietekmēt IT nozares stāvokli Latvijā. Viskonsekventāko nostāju Latvijā šajā jautājumā ir paudusi Latvijas Atvērtā Koda Asociācija – LAKA, kura uzskata, ka no programmatūras patentēšanas noteikti būtu jāatsakās.