Omikronam jauns apakštips ar mutāciju, kuras dēļ to varētu būt grūtāk identificēt  (14)

Lai izsekotu vīrusa jaunā paveida izplatībai pasaulē, tiek izmantoti polimerāzes ķēdes reakcijas (PĶR) testi, taču šim omikrona paveida apakštipam ir viena ģenētiska īpatnība, kas liedz to indentificēt ar PĶR testiem. Proti, tests aizvien identificēs patogēnu kā jauno koronavīrusu, taču nebūs iespējams atšķirt omikrona paveidu no deltas vai citiem paveidiem. To aizvien var identificēt ar vīrusa RNS sekvenēšanu. Līdz šim jaunais un "slapstīgais" omikrona paveida apakštips ar sekvenēšanas palīdzību konstatēts septiņos paraugos Dienvidāfrikas Republikā, Austrālijā un Kanādā.

Pētnieki ierosina omikrona paveidu (B.1.1.529) sadalīt divos apakštipos – BA.1 (sākotnēji identificētais omikrona paveids) un BA.2 (nupat identificētā versija). Šī klasifikācija iekļauta tiešsaistes datubāzē "Cov–Lineages", kur tiek dokumentēta un izsekota jaunā koronavīrusa paveidu izplatību.

Britu medijam "The Guardian" Londonas Universitātes koledžas Ģenētikas institūta direktors Fransuā Balū uzver: "Nu omikronam ir divas versijas – BA.1 un BA2. –, kas ģenētiski ir diezgan atšķirīgas. Tās attiecīgi arī var "uzvesties" atšķirīgi." Pēdējam apgalvojumam gan pagaidām reālu pierādījumu un apstiprinājuma nav.

Kāpēc BA.2 varētu būt grūtāk identificēt? BA.2 ir pietiekami daudz to pašu mutāciju, kas BA.1 – mutāciju, kas šos abus ļauj definēt kā omikrona paveidu. Taču BA.2 ir arī vairākas mutācijas, kas nav BA.1 apakštipam, kā arī nav vairāku mutāciju, kas savukārt ir BA.1.

"Oriģinālajam" omikrona paveidam viena no tām ir tā dēvētā "69/70 del" mutācija ("del" no "deletion" jeb dzēšana) gēnā, kas kodē vīrusa pīķa proteīnu. Šī mutācija no RNA sekvences izdzēš kopumā sešas bāzes (nukleotīdus jeb "burtiņus"), kas rezultātā noved pie tā, ka vīrusa pīķa proteīnā divās vietās iztrūkst aminoskābes – histidīns 69. pozīcijā un valīns 70. pozīcijā. Tādējādi šo mutāciju arī sauc par "69/70 del" – noteiktās pīķa proteīna vietās vairs nav šo divu aminoskābju.

Kāds tam sakars ar vīrusa identificēšanu? Lai noskaidrotu, vai paraugos ir jaunais koronavīruss, PĶR testos tiek meklētas vairākas pazīmes, tostarp parasti viens no mērķiem ir tieši pīķa jeb S proteīns, ar kuru vīruss piestiprinās cilvēka šūnām. Kad kādam ar omikrona BA.1 apakštipu inficētajam cilvēkam tiek veikts PĶR tests, viens no marķieriem – pret S proteīnu vērstais – nenostrādā ("S gene target failure"). Tādējādi jau PĶR testa laikā var nojaust, ka cilvēks varētu būt inficēts tieši ar omikrona BA.1 paveidu. To pēc tam var apstiprinā ar sekvenēšanu (šī mutācija bija arī alfas jeb iepriekš par Lielbritānijas variantu dēvētajam paveidam, kurš vairs nav dominējošais).

Šobrīd dominējošajam deltas paveidam savukārt šīs mutācijas nav, tāpēc augstāk minētā kļūme PĶR testos neuzrādītos. Taču šīs mutācijas nav arī omikrona paveida BA.2 apakštipam. Tādējādi ar PĶR testiem vairs, iespējams, nevarēs gūt sākotnējās indikācijas par to, ka paraugos varētu būt tieši omikrona, nevis, piemēram, deltas paveids.

To gan aizvien var precīzi noteikt ar sekvenēšanu, taču tā ir lēnāka, sarežģītāka un ne tik plaši pielietojama metode, kas neļauj gūt tik operatīvu ieskatu par jaunā paveida izplatību pasaulē.
Bāzeles Universitātes ģenētiķe Emma Hodkrofta izdevumam "The Financial Times" ieskicēja, ko tas varētu nozīmēt praksē: "Ir iespējams, ka inficēšanās tieši ar omikrona paveidu jau ir izplatītāka nekā mums šķiet."

Taču vēlreiz jāuzsver – paša vīrusa identificēšanā PĶR testi aizvien strādā arī BA.2 gadījumā, vienīgi šajos gadījumos vairs nav pieejams "īsceļš" ātrai identifikācijai, ka tas ir tieši omikrona, nevis deltas paveids. Tāpat pagaidām nav arī pamata uzskatīt, ka citās izpausmēs (infekciozitāte, virulence u.c.) abi omikrona paveida varianti būs viens no otra būtiski atšķirīgi.