Visvairāk šajā laikā vidējais atalgojums audzis Īpašu uzdevuma ministra sabiedrības integrācijas lietās (ĪUMSIL) sekretariātā, kā arī Zemkopības un Kultūras ministrijas centrālajā aprātā, attiecīgi par 94%, 64% un 68%. Nodokļu speciālisti vērš uzmanību arī uz to, ka ministriju darbinieku atalgojuma apjomu ietekmē padotības iestāžu maksājumi ministriju centrālā aparāta darbiniekiem un ierēdņiem.
To varot redzēt arī aplūkojot valsts sekretāru 2006.gada ieņēmumus — dažos gadījumos, pārstāvot ministriju kā iestādes kapitāldaļu turētāju, amatpersonas mēnesī vidēji saņēmušas tikpat, cik par tiešo pienākumu pildīšanu.
Turklāt lielāks vidējais atalgojuma apmērs, salīdzinot ar citām ministrijām, dažās iestādēs var būt izskaidrojams ar lielāku līgumdarbinieku skaitu, kuri arī tiek apmaksāti no kopēja atalgojuma fonda līdzekļiem.
Valsts kontroliere Ingūna Sudraba laikrakstam norādījusi, ka 2007.gadā vidējais atalgojuma apmērs ministrijās beidzot sācis izlīdzināties, tomēr joprojām pastāvot atšķirība, piemēram, starp ministriju valsts sekretāru vidējo atalgojumu.